Fæcestransplantation indebærer overførsel af tarmbakterier fra en rask person til en patient. Clostridium difficile kan medføre alvorlig tarmbetændelse, især efter en periode med antibiotikabehandling eller almen svækkelse. Ved første tilfælde af Clostridieinfektion er behandlingen en særlig type antibiotika, som vanligvis er effektiv. Nogle patienter oplever imidlertid, at infektionen kommer tilbage.
Ny forskning viser, at overførsel af tarmens mikroflora fra en anden person ved afslutning af den antibiotiske behandling er effektiv til at forebygge, at infektionen kommer igen. Dette er baggrunden for overførsel af tarmbakterier fra en rask person til patientens tarm – fækal mikrobiota transplantation (FMT).